Trường THCS Ngũ Hiệp tiền thân là trường cấp I, II Ngũ Hiệp được xây dựng và thành lập năm học 1961 - 1962, là một trong bảy trường được thành lập trên toàn huyện. Ngôi trường nằm cạnh đường Quốc lộ 70 sát nhánh sông Tô Lịch (nay là Trường tiểu học Ngũ Hiệp). Khi mới thành lập, trường chỉ có 11 lớp với 9 lớp cấp I và 2 lớp cấp II.
Năm học 1962 - 1963 thầy và trò nhà trường đã được giảng dạy và học tập ở ngôi trường mới với 7 phòng học kiên cố.
Năm 1965, đế quốc Mỹ bắn phá miền Bắc, giáo viên và học sinh nội thành phải sơ tán ra ngoại thành và các tỉnh lân cận, huyện Thanh Trì tiếp nhận các thầy cô giáo và học sinh quận Hai Bà Trưng về sơ tán. Từ năm học này trường cấp I, II Ngũ Hiệp tách riêng thành cấp II (nay là THCS). Để chống chiến tranh phá hoại của giặc Mỹ, thầy và trò trường PTCS Ngũ Hiệp đã thực hiện sơ tán triệt để, đảm bảo an toàn tính mạng cho học sinh. Năm 1969 thầy và trò nhà trường mới lại được chuyển về ngôi trường cấp I, II của xã để tiếp tục dạy và học.
Đáp ứng yêu cầu phát triển của xã hội và ngành Giáo dục - Đào tạo, năm 1986 trường được tách cấp gọi tên là trường THCS Ngũ Hiệp với 16 lớp và 700 học sinh (vẫn chung cơ sở với trường Tiểu học).
Năm học 2001- 2002 trường được chuyển lên địa điểm mới: Gồm 2 dãy nhà 4 tầng, 1 khu lớp học và 1 khu hiệu bộ (thiếu phòng học nên trường phải học 2 ca). Trường đã phát triển 24 lớp với hơn 1.000 học sinh. Năm 2008 - 2009 trường được xây dựng giai đoạn II thêm một dãy phòng học 4 tầng và một khu nhà thể chất. Trường có đủ phòng học và các phòng chức năng.
Trong những năm học qua, Trường THCS Ngũ Hiệp luôn nhận được sự quan tâm chỉ đạo, ủng hộ của huyện ủy, UBND huyện, phòng GD - ĐT huyện Thanh Trì, Đảng ủy, HĐND, UBND xã Ngũ Hiệp và cha mẹ học sinh. Năm 2009 trường được thành phố, huyện, địa phương quan tâm xây dựng trường đạt “Trường chuẩn quốc gia” với hệ thống các phòng chức năng khang trang đầy đủ trang thiết bị hiện đại máy chiếu đa năng, máy chiếu đa vật thể, máy vi tính,... Tháng 11/2009, nhà trường rất vinh dự đón nhận công nhận “Trường chuẩn Quốc gia”
Đã 50 năm trôi qua với bao đổi thay của của đời sống xã hội, với bao khó khăn thử thách, trường THCS Ngũ Hiệp ngày càng phát triển với những bước tiến vững chắc ổn định. Dưới sự chỉ đạo sát sao của Sở GD&ĐT Hà Nội, phòng GD&ĐT Thanh Trì, các cấp lãnh đạo địa phương và cùng với sự nỗ lực phấn đấu của tập thể CB - GV - NV, nhà trường đã xây dựng được một tập thể sư phạm đoàn kết với tiêu chí thi đua “Dạy tốt học tốt” để hoàn thành sứ mệnh lịch sử:
“Vì lợi ích mười năm thì phải trồng cây
Vì lợi ích trăm năm thì phải trồng người”
(Hồ Chí Minh)
Nhờ sự quan tâm chỉ đạo sát sao của BGH và sự nỗ lực của tập thể sư phạm, nhà trường đã liên tục đạt “Trường tiên tiến”, “Tập thể tốt”. Nhiều năm đạt trường “Tiên tiến xuất sắc” TDTT cấp thành phố và được Ủy ban TDTT Việt Nam tặng bằng khen. Nhiều thầy cô giáo đạt danh hiệu Giáo viên giỏi cấp huyện, cấp thành phố. Nhiều học sinh đạt học sinh giỏi cấp huyện, cấp thành phố. Trường luôn đứng tốp đầu huyện Thanh Trì về số lượng học sinh giỏi cấp huyện thành phố, số lượng học sinh lớp 9 thi đỗ vào lớp 10 THPT. Tỷ lệ học sinh khá giỏi ngày càng tăng, năm sau cao hơn năm trước (Đạt trên 70% học sinh khá, giỏi). Kết quả học tập của học sinh nói lên hiệu quả trong việc đổi mới phương pháp dạy học của nhà trường. Năm học 2010 - 2011, nhà trường vinh dự được UBND huyện Thanh Trì tặng giấy khen “Đã có thành tích xuất sắc trong công tác bồi dưỡng học sinh giỏi cấp thành phố”. Nhà trường không chỉ “mạnh” về thành tích học tập mà còn “mạnh” trong các hoạt động phong trào.
Từ năm học 2019 - 2020 đến nay, trường được chuyển sang một địa điểm mới với diện tích 17.141,4 m2, cơ sở vật chất đầy đủ khang trang với 40 phòng học và hơn 1600 học sinh. Trong những năm học qua, Trường THCS Ngũ Hiệp vẫn luôn kiên định mục tiêu về chất lượng giáo dục học sinh cũng như chất lượng đội ngũ giáo viên. Đặc biệt, trong kỳ thi tuyển sinh vào lớp 10 THPT năm học 2023 - 2024, nhà trường đã đạt được thành tích rất đáng tự hào với tổng điểm thi vào 10 xếp thứ 4/17 trường trong huyện. Tại kỳ thi học sinh giỏi, học sinh năng khiếu cấp huyện, trường có tổng số 152 giải; thi học sinh giỏi cấp thành phố có 4 giải trong đó 3 giải Ba, 1 giải khuyến khích.
Với sự quan tâm của các ban ngành, với môi trường giáo dục thuận lợi, đội ngũ giáo viên có tay nghề vững vàng, tâm huyết với học sinh hi vọng nhà trường sẽ gặt hái được nhiều thành công hơn nữa trong sự nghiệp trồng người, giữ vững thương hiệu trường THCS Ngũ Hiệp để “Ngũ Hiệp ngày càng tỏa sáng - Cho những ai khát vọng thành công”!